肛瘘的形成，是肛门直肠周围脓肿发展的必然结果，形成肛瘘大致要经过四个阶段：
第一个阶段：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症即可以向肛门周围蔓延。
第二个阶段：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
第三个阶段：由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症；如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。
第四个阶段：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。