肛裂的发病学说有以下几种：
(1) 解剖上的缺陷学说；肛裂多发生于肛门后位，主要是由于外括约肌浅层在肛管前后方各形成"Y"形薄弱区，耻骨直肠肌又加强肛管两侧的力量。因此肛门后部及前部不如两侧坚强。肛管向下后与直肠后壁形成一角度。排便时，干燥的粪便对肛门后方薄弱区的压力最大，又因肛管之后中线血运差，弹力较少，故造成肛门后方易受伤撕裂。这就是肛裂裂口的位置常发生于后方的原因。
(2) 感染学说：肛管上端齿线处的特殊结构如肛窦、肛门瓣、肛乳头、肛腺等，容易被干硬的粪团下移时所损伤，使局部产生感染和炎症，或导致肛腺阻塞化脓，溃破后形成肛裂，由于局部炎症刺激，括约肌痉挛，血液供应不足，伤口久不愈合，形成慢性溃疡。
(3) 括约肌痉挛学说：肛门外括约肌皮下部由于病理性因素，纤维化而失去柔软的特性，在肛门外括约肌浅层"Y"形薄弱区下端形成无弹性的横闸，当干硬粪团通过肛管时，此薄弱区容易破裂而出现裂口，裂口久不愈合形成慢性溃疡。
(4) 外伤学说―肛门狭小学说：大多数学者认为干硬粪团通过肛管时，易引起肛管撕裂，尤其是肛门先天性发育不良者，更易受到损伤。
以上几种学说的共同特点是与排出干硬粪便有关，又与局部解剖结构有明显的因果关系。可以说肛裂的发生是多种致病因素相互作用的结果。
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