1.根据病原菌针对性用药。本病除大家较了解的支原体和衣原体外（主要感染微生物），还有10%—20%的可由阴道毛滴虫、白色念珠菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、酵母菌、厌氧革兰阴性杆菌等引起。所以非淋的治疗要因人而异，因感染的微生物而确定用药。
2.足够的疗程。支原体和衣原体是细胞内寄生的微生物，对抗生素不如一般的细菌敏感，所以用药时间应该相对较长，一般为两周左右。患者最好不要自行盲目购药服用，这样可能使病原菌接触到药物又没杀灭而产生耐药，下次此药就不管用了。
3.最好单一用药。药物之间相互作用是复杂多变的。一般来说，除非知道它们之间有协同互补作用，否则不应该同时用两种以上的药物来治疗非淋菌尿道炎。因为，这样做常常有害而无益，如药物之间有相互拮抗作用会降低疗效，增加治疗的费用，使病原菌对药物的耐药菌株增多，从而使进一步治疗难度加大。
4.重视性伴的检查和治疗。因为各种原因有些人患了性病而不愿意让家人知道，所以也忽视了对性伴的诊断和治疗，从而造成反复的感染，这并不代表治疗无效。
5.注意发挥身体的抗病能力。药物治疗的同时需要身体抗病能力的配合才能达到较好的疗效。在治疗期间同时饮酒和继续过性生活（尽管用了安全套）会大大降低疗效，这一点在一些年轻人中较容易忽视。此外，还有生活节奏不规律、食辛辣火锅等食物、过度劳累、有慢性病等情况。
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